在不少研究者看来，小产权房产生的根源在土地二元制度，以及在这个二元制度下，低价征地高价出让形成的超额利润分配机制让农民利益受损。那么解决小产权房的办法很简单——将其合法化即可。相比起征地然后招拍挂的制度，小产权房买卖的所有环节中：农民获得的土地收益远远高于征地制度下低廉的土地补偿费，大大的增加了收入，同理村集体也增加了收入；城市中低收入家庭则解决了基本住房问题；而作为参与者的开发商，则增加了一种投资渠道和市场选择，在市场化的环境中，他们的利益至少可以保证是不会降低；利益减少的只有政府，但政府获得的收益本来就是不该得到的垄断利润，更不要说政府有没有必要作为一个主体参与都很可疑。因此，许多人认为小产权房合法化是一种“帕累托改进”，对参与各方都不会有坏处，对部分参与者有好处，因此理该采用，“多赢”使得小产权房有了独特的生存空间。

然而还是有人反对小产权房合法化。理由之一是：将小产权房合法化是鼓励之前的违法行为。因为有关部门曾三令五申小产权房不合法——如2007年6月18日，《建设部关于购买新建商品房的风险提示》明确指出，城市居民不要购买在集体土地上建设的房屋。但这种反对理由不能成立。回顾我们的历史，有多少进步是由一些所谓“刁民”勇于突破不合理的政策带来的呢？最典型的就是小岗村的故事。我们实在没有必要对那些不合理的政策产生的结果“敝帚自珍”，而不敢将其“扶正”。

反对理由之二是：如果现在让小产权房合法化，是否会让那些已经被拆掉的小产权房业主感到不公平？是否会让守法不去建造小产权房的农民感到不公平？是否会让守法不买小产权房而买普通商品房的购房者感到不公平？

这个反对理由仍不能成立。如果沿着这个反对逻辑，那么我们同样可以质疑：劳教制度不能取消，否则对之前已经被劳教过的人不公平；“单独二胎”不能取消，否则对之前没能生二胎但已过生育期的“单独家庭”不公平……如果按照这个逻辑，任何不合理的政策都不能改变。因为这个逻辑遵循的，是所有人都要“公平”的得到不公平。但显然，这样的逻辑本身就谬之千里。

经济学家华生一直反对小产权房的合法化。他的主要观点是，能盖小产权房的农民不是广大农村的绝大多数农民，而是城中村和城郊的原住民。这些城中村和城郊的原住民其实主要已不务农，而是当起了地主房东，很多靠土地过上了寄生生活。但这种土地价值的升值不是由于土地天然的肥沃程度，也不是土地占有者的投入造成，而是由于人口聚集、公共财政集中投入和土地的用途和规划管制造成的。换言之，只有部分农民因为城市发展的原因可以盖小产权房得益，而绝大多数农民是享受不到这种利益的。因此，他认为在城市化过程中对城市及城郊土地增值的重新分配，对于保证社会财富分配的公平公正，具有决定性意义。如果允许小产权房合法化，实际上是对占人口绝大多数的外来进城农民利益的挤压和伤害。这种反对的理由仍不能成立。

因为小产权房合法化会让少数农民占到便宜、而大多数农民占不到，所以倒不如所有农民都别占便宜、便宜都让政府占了好？这种逻辑和上述“反对理由之二”有异曲同工之“妙”，就是生怕老百姓占点便宜，却对政府很大方。