个人住房公积金贷款与商业个人住房贷款的区别主要表现在以下五个方面：(1)贷款主体不同。住房公积金贷款的主体是住房公积金管理中心，商品房贷款的主体是商业银行。(2)贷款对象不同。商业个人住房贷款是针对通过征信并具有还款能力的自然人，公积金贷款是针对除商业贷款所需条件外，正常缴纳公积金12个月以上的职工。(3)贷款资金来源不同。商业个人住房贷款的来源是商业银行自营资金(居民或单位存款)，住房公积金贷款的来源是职工及其单位缴纳的住房公积金。(4)贷款利率不同。住房公积金贷款实行低存低贷的原则，利率分为两个档次。具体来说，贷款期限不足5年(含5年)的，年利率为3.33%；5年以上，年利率为3.87%，低于商业贷款利率。(5)贷款风险主体不同。商业贷款风险由发放贷款的商业银行承担，公积金贷款风险由决定发放贷款的住房公积金管理机构承担。