“小产权房”由来已久，是随着城市化和工业化的快速推进而产生的，20世纪80年代由于乡镇企业的异军突起，劳动力大量流动，当时在集体土地出现大量兴建住房的现象。而且当时的法律是允许城镇居民为了特定的目的在农村建房的，如1982年《村镇建房用地管理条例》规定：“回乡落户的离休、退休、退职职工和军人，回乡定居的华侨”以及“集镇内非农业户”经过批准都可以在农村取得宅基地建房。1988年版《土地管理法》第41条也允许城镇非农业户口居民使用集体土地建住房（郑振源，2012）。开始大量在外打工的农民租住城郊农民的闲置房，之后村民和村集体开始建设租赁房或商品房来满足外来人口的住房需求。而政府20世纪90年代末期，在法律层面严格禁止农民住宅向城市居民出售、禁止城市居民占用农民集体土地建住宅。但“小产权房”依旧如势如破竹，遍地开花。

小产权房产生的背景较为错综复杂：

第一，从本质上来看，“小产权房”的大量出现是当前我国城市化快速进程中城乡土地被人为分割成了两个体系的不合理制度安排的结果。从集体经济组织、开发商、购房需求者等利益相关者来看，“小产权房”的发展符合各方的利益诉求。甚至由于快速城市化过程中市、区政府需要大量征地，其与农村集体经济组织和个人之间往往需要有一定的利益交换，而“小产权房”的发展是其中的一种利益输送。因此，“小产权房”的发展迅猛是必然的，它也与地方政府的支持和默认分不开。此外，地方政府怂恿“小产权房”的开发，也与中央政府的实际容忍态度有关。这种实际容忍态度归功于几个方面的原因：一是不允许农民开发“小产权房”的政令本身存在不公平性。二是大部分“小产权房”与“土地财政”也有关系，而“土地财政”可视为地方政府与中央政府围绕政府收入分配方面讨价还价的一种结果。在分税制财政管理体制改革中，中央政府获得了较大部分的预算内收入。地方政府作为一种补偿，需要以非市场大规模价征收土地，大搞“土地滚动开发”，以充实其“土地财政”，就往往要为农民留地用于自主开发。在这种情况下，中央政府也需要对“小产权房”持一定的容忍态度。比如，2004年，深圳为加快城市化进程，把农村集体所有制土地全面转为国有，村民转为市民，并取消了村级组织。在土地国有化的过程中，为了照顾原居民的利益，深圳市为每户划出不超过120平方米的土地，用于建设层高不超过5层、建筑面积不超过480平方米的住房。超过这一面积的建筑，都属于“违法建筑”。但无论是否超过此指标，均可视为“小产权”。三是对农村土地使用权和住房产权的限制很多是中央政府法规政策层层加码的，而加码前出现的“小产权房”也难以纳入后来中央统一禁令加以禁止，这一格局也使人对后来新设限制性规定的严肃性提出质疑。四是很多中央政策允许的地方试点本身也允许“小产权房”的大量存在。比如成都市属于全国统筹城乡综合配套改革试验区，大量村民被安置在集中居住区，住房没有城市政府颁发的产权证，但属于合法“小产权房”。不过，一些村民对外私下转让了其住房。

第二，农村集体与个人对不接受低补偿征地，直接建设和供给“小产权房”具有很强的正向激励。当下土地收益分配失衡，不利于农村集体与个人。农村集体组织并不拥有完全意义上的集体土地产权——农民集体对土地的占有、使用、收益和处分权是有限的，尤其是缺乏对农村集体土地使用权的最终处分权。这导致农村集体所有土地无法直接进入土地流转市场。而地方政府作为土地一级市场垄断的供给者，通过低价征收农村集体所有土地，再通过“招拍挂”等方式，以高于征收拆迁补偿费用几十倍甚至上百倍的价格转让给房地产开发商，从中获取大量高额垄断利益，包括土地出让收入以及各种相关税费等。此外，房地产开发商也能从房价大幅上涨、土地较快增值中获取巨大的利益，而作为农村集体土地所有权主体的农民并不直接参与土地利益分配，尤其是在工业化、城镇化加快推进过程中，土地快速增值导致农村集体所有土地的法定征收补偿费用与市场价值之间的差距不断拉大，农民只能从中获取很小的一部分利益。“小产权房”的出现，打破了政府垄断土地一级市场的格局，在某种程度上也是农民积极参与土地资源优化配置、分享工业化城市化进程中土地增值收益的结果。从开发商和地方政府，到村集体与村民，利益分配呈倒金字塔形，为了保有土地利润，村级组织与村民有极大经济动力推动“小产权房”的开发。不可否认，土地的开发肯定有地方政府和开发商的贡献，但是对原土地权利人的利益侵占也是关键的利润来源，它导致了村民和村集体推动“小产权房”发展的巨大利益动因。

第三，城市化快速发展对住房需求的增加，而“大产权房”供给有限。2012年10月，中国科学院可持续发展战略研究组发布《2012中国新型城市化报告》。报告对中国50个代表城市的新型城市化水平进行了排序，上海、北京、深圳新型城市化水平居前三位。城市化意味着大规模的农民进城，对住房的需求增多。另外，城市化也使得村镇规模急剧减少，也使得“小产权房”不断建设和运转，随着高速度的城市化，作为住房市场中重要补充部分的“小产权房”的规模也会不断的扩大。

第四，城区房价飙升、住房保障制度的不完善使得中低收入群体不得不购买价格有优势的“小产权房”。由于“小产权房”去了三大成本（购地成本、各种税费、由土地和房地产市场管制造成的“公关成本”甚至“腐败成本”），价格有绝对的吸引力。与此同时，经济适用房、廉租房等保障性住房建设却始终无法满足这些住房需求。这些保障性住房还存在诸多限制，尤其是户籍限制。这些因素使得大量外地的中低收入者无法享受大城市的保障性住房。

第五，一部分城市高收入群体为保值增值进行投资、选择第二居所乃至第一居所而选购“小产权房”，为“小产权房”售卖准备了较大的买方市场。这里包括高收入群体购买的别墅型“小产权房”。

第六，城乡人口的流动使得近郊农民的部分宅基地变得富裕，为“小产权房”的发展提供了条件。近年来，城乡人口频繁而又密集地流动，一方面，一部分城市近郊农民因进城务工、子女教育、收入增长、意欲改善生活境遇等移居城市，腾空了近郊农户部分宅基地，加上村镇的违规批转和变卖，为“小产权房”开发提供了一定量的、必要的空间，同时，一部分近郊农民自建房直接转让，变成了“小产权房”。