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第一，法律风险
前面已经详细论述了由于小产权房的特殊法律属性，使得小产权房的流通转让存在很多的限制，因为小产权房只具备了普通商品房的使用性质，但不具备普通商品房的法律性质，其并不是商品房。
所以，法律法规对商品房的相关规定和制度对小产权房是无效的，人民法院也不能适用商品房买卖的法律规定及司法解释处理涉及小产权房的案件，购房人的权益很难得到维护。
同时，由于购买小产权房的合同是无效的，因此根据法律规定购房人只能要求开发商退还购房款并按银行同期贷款利率支付利息等。但是根据目前已有的案例来看如果购房人明知所购房屋是小产权房仍然购买的，由于己方有过错，可能人民法院就不会支持其要求赔偿损失的请求。而且即使开发商违约，由于合同无效，购买人的权利将无法得到保障。由于小产权房不受法律认可，也不用在房管部门备案，不在政府机构监管范围内，因此在使用房屋的过程中，如果遇到一些房屋质量问题、公共设施维护问题，其救济途径就非常有限。
最典型的案子就是1994年全国各地的画家入驻通州宋庄，逐渐形成全国最大的画家聚集地。但由于房价飞涨等多方面原因，深圳中山苑能买吗，陆续发生卖房农民因反悔卖房起诉画家的案件，至今已经形成13起讨房诉讼。
2007年7月，画家李玉兰第一个接到了一审败诉判决书，法院判决合同无效，要求原房主按照评估价给李玉兰9.3万元补偿款，沙湾厦村统建楼，李玉兰于判决生效90日内腾房。李玉兰遂向市二中院上诉。
2007年12月，二中院终审首次认定“画家村”农村房屋买卖合同无效，但判决中指出合同无效主要责任在于农民反悔，李玉兰可就赔偿问题另行主。
第二，政策风险
在购买的是在建小产权房，购房人与开发商签订合同并交付房款后，如果相关部门整顿小产权房的建设项目，可能就会导致部分项目停建甚至被强迫拆除。那么结果只能是购房人找开发商索要购房款，购房人就可能面临既无法取得房屋，又不能及时索回房款的尴尬境地。另外，购房后如果遇到国家征地拆迁，由于小产权房没有国家认可的合法产权，购房人并非合法的产权人，所以其很可能无法得到对产权进行的拆迁补偿，而作为实际使用人所得到的拆迁补偿与产权补偿相比是微乎其微的。
第三，开发建设的监管同样存在缺位
目前，小产权房屋的开发建设还没有明确的规定加以约束，开发建设的监管同样存在缺位。而小产权房屋的开发得不到银行贷款支持，开发过程中其大量的开发资金没有政府和银行进行监管，主要依靠开发商自律进行开发建设，一旦开发单位的资金或其它环节出现问题，极有可能变成烂尾工程。如果是将购房资金预交给没有任何资质和监管的开发单位，对购房者而言，资金的安全，开发商资金是否按时到位，是否能够按质按时的交付房屋存在着很大的风险。同时，开发单位的资质没有，房屋质量和房屋售后保修难以保证。而且，入住后的物业管理也极易出现问题。
第四，购买后也不能合法转让过户
由于所购小产权房得不到法律的认可和保护，没有得到国家房地产主管部门的批准，无法办理合法的产权手续，购买后也不能合法转让过户。同时对房屋的保值和升值也有很大影响。
