方案一、向市规自局不动产登记中心提交不动产更正登记申请，要求对一套房屋登记为两本房产证的错误登记行为进行更正登记。在不动产登记中心不同意更正的情况下，对市规自局提起行政复议或行政诉讼。

相应法律依据：

《不动产登记暂行条例实施细则》第七十九条权利人、利害关系人认为不动产登记簿记载的事项有错误，可以申请更正登记。

相应事实依据：

我的房屋在结构和布局上，只有一个进户门、一间厨房，水电气也是只按照一套住宅配建，本质上就是一套房屋。但不动产登记时却登记为两本房产证、两套房屋。明显错误。

方案二、先向市规自局不动产登记中心提交不动产变更登记申请，要求将两证合并为一证。在不动产登记中心不同意变更的情况下，对市规自局提起行政复议申请或行政诉讼。

相应法律依据：

《不动产登记暂行条例实施细则》第二十六条：下列情形之一的，不动产权利人可以向不动产登记机构申请变更登记：

（二）不动产的坐落、界址、用途、面积等状况变更的；

（四）同一权利人分割或者合并不动产的；

相应事实依据：

如果不动产登记中心坚持认为，我的房子本来就是两套房屋两本证的，那么当前我的房屋坐落、界址、面积等状况客观上发生了变化。即使当年房屋规划设计时是两套房屋，现在只有一个不动产单元，按照规定只能登记为一本不动产证。因此，我有权利申请变更登记。

而且，我的房屋产权都在同一权利人名下，名义上的两套房屋实质上已经合并为一套房屋，据此我也有权要求将两证合并为一证。

方案三：要求一房两证在房产交易时视为一套，允许再购一套。

1、向市人大常委会提出书面审查建议，要求对杭州限购政策合法性以及能否溯及既往适用于一房两证情形进行审查。

2、对市政府职能部门作出的限购政策向市政府提出书面审查建议申请；对市政府作出的限购政策向省政府提出书面审查建议申请。要求确认限购政策的合法性以及能否溯及既往适用于一方两证情形。

相应法律依据：

《浙江省各级人民代表大会常务委员会规范性文件备案审查规定》第十一条：前条规定以外的其他国家机关、社会团体、企业事业单位以及公民认为规范性文件有本规定第八条所列情形之一的，可以向有审查权的人民代表大会常务委员会书面提出审查建议。

第八条：县级以上人民代表大会常务委员会经审查认为规范性文件有下列不适当情形之一的，有权予以撤销：

（一）超越法定权限限制或者剥夺公民、法人和其他组织合法权利，或者增加公民、法人和其他组织义务的；

（二）超越法定权限制定规范性文件的；

（三）违反法定程序制定规范性文件的；

（四）同上位法相抵触的；

（五）同本级或者上级人民代表大会及其常务委员会的决议、决定相抵触的；

（六）有其他不适当的情形，应当予以撤销的。

《浙江省行政规范性文件管理办法》第二十二条公民、法人或者其他组织对行政规范性文件有异议的，可以向制定机关、备案机关提出书面审查建议。

制定机关、备案机关应当在收到公民、法人或者其他组织提出书面审查建议之日起60日内研究处理，并书面答复当事人；情况复杂的，经机关负责人批准，可以适当延长办理期限，但延长期限不得超过30日，并应当告知当事人延期理由。法律、行政法规另有规定的，从其规定。

第二十六条备案机关或者县级以上人民政府法制机构发现行政规范性文件与法律、法规、规章和国家方针政策相抵触，或者超越法定权限、违反制定程序的，应当及时通知制定机关自行纠正、暂停执行；必要时，备案机关依照职权直接予以撤销或者改变。

第十条除依法不得公开及应急性的事项外，行政规范性文件在起草过程中应当公开征求意见；涉及重大公共利益和群众切身利益的，

应当采取座谈会、听证会等多种形式，广泛听取行政管理相对人和有关基层单位的意见；涉及地区经济社会发展的重大事项或者专业性较强的，应当事先组织专家进行必要性和可行性论证。

起草单位对公民、法人和其他组织提出的意见和建议应当记录在案、研究处理，并说明采纳意见情况。

《中华人民共和国立法法》第九十三条法律、行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例、规章不溯及既往，但为了更好地保护公民、法人和其他组织的权利和利益而作的特别规定除外。

相应事实依据：