《处理规定》分总则、一般规定、办理程序、监督管理、附则等5部分内容，共计45条。主要内容包括：

调整历史遗留问题处理范围，明确职责分工。适当调整《关于加强房地产登记历史遗留问题处理工作的若干意见》（深府〔2010〕66号，简称“66号文”）原有处理对象的适用条件，将非营利性的公共管理与服务设施、公共设施等不动产纳入处理范围等。明确区人民政府作为不动产登记历史遗留问题处理的统筹部门，建立工作交办机制，增强推进力度；明确规划和自然资源、住房和建设、规划土地监察、税务等部门具体职责，强化部门协作，优化办事流程，整合办事环节，精简办事材料，充分利用信息技术，实现信息互联互通，推动历史遗留问题高效处理。

完善历史遗留问题处理程序，细化处理规则。推行并行处理程序，规定补办规划、用地、房屋质量检测鉴定、消防安全等环节可以并行办理，提高处理效率。完善申请主体，依法确定以当事人申请为原则，但对因特殊情形导致当事人缺位时申请主体作出补充完善；设置政府兜底条款，对于“市、区人民政府认为情况特别复杂、社会关注度高的重大历史遗留问题，可以指定相关职能部门或者街道办事处代为申请”。

细化土地和房屋用途的认定，明确土地年期计算、地价缴纳标准等，衔接《深圳市地价测算规则》；增加不动产测绘内容，对不动产测绘问题专门作出要求和规定，明确测绘标准等。完善规划、用地、房屋质量检测鉴定、消防安全等手续，进一步细化不予规划确认的情形，明确规划确认审查标准，对于“占用永久基本农田、占用生态保护红线、一级水源保护区用地、已批准的自然保护地”等情形的，不予规划确认；完善房屋质量检测鉴定手续的办理时限等。

优化不动产登记申请材料及办理程序，明确国有建设用地使用权及房屋所有权首次登记、转移登记的申请材料、完善转移登记的办理程序。增加送达规则、统一公告程序。

加强监督管理，保障历史遗留问题有序推进。依法加强对开发单位和个人违法违规行为的处理，包括限制相关当事人在深圳市享受房地产开发优惠政策、由监察机关依法追究有关职能部门和各区人民政府有关单位及工作人员的责任等。