先是东莞小产权房和深圳小产权房价格的对比，东莞小产权房无疑有更大的价格优势和性价比优势。目前深圳小产权房的价格随着商品房价格的暴涨水涨船高，即便是独栋的农民房，价格也普遍在10000元/㎡左右。至于受到广大购房者青睐的深圳村委统建楼，价格则普遍在15000元/㎡以上，一些规模大配套齐全的大型深圳村委统建楼，价格现在基本上已经在20000元/㎡左右，甚至高于大部分省会城市的商品房价格。

　　相比之下，东莞小产权房价格则是相当便宜。目前东莞小产权房价格根据位置、楼盘规模和质量等条件的不同，价格差异比较大，价格区间在3200元/㎡到9500元/㎡之间。目前在售东莞小产权房楼盘中，价格最高的是长安小产权房，最高价格直逼10000元/㎡。就目前大部分在售东莞小产权房楼盘来说，价格位于5000元/㎡左右的楼盘数量最多，是东莞小产权房价格的主流，也是东莞小产权房的平均价格。

　　其次，两地小产权房房源质量对比来讲，东莞小产权房整体上略有优势。深圳已经多年没有新的小产权房楼盘，以后也不会有，因为深圳已经严厉禁止新的深圳小产权房建设。目前在售的深圳小产权房楼盘绝大多数都是独栋的农民房，这些农民房都是在2013年禁令发布以前已经建成。那时因为还有大量的深圳村委统建楼在售，这些小规模的农民房基本上无人问津。随着深圳村委统建楼可售房源的枯竭，目前独栋农民房已经成为深圳小产权房市场的主流。这些楼盘规模小、缺乏停车场等配套设施。

　　再次，深圳小产权房目前基本上都是带精装修出售，而东莞小产权房基本上都是毛坯房。目前在售深圳小产权房大多是农民房，在深圳村委统建楼大行其道的时候，这些房子基本上无人问津，因此大多数被用于出租。现在这些房子被用于出售的时候，大多数已经外观相对残破，并且户型基本上是只适合出租的小户型。因此在销售的时候，大多经过改造，重新分割户型。

　　最后，深圳小产权房按揭贷款利率较高，而东莞小产权房按揭利率则相对较低。目前深圳小产权房按揭基本上都是通过金融公司的渠道放款，利率大多在6厘到9.9厘之间，大部分楼盘的按揭利率都是9.9厘，真正能做到6厘的楼盘非常少。相比之下，东莞小产权房按揭贷款的利率就非常低，比如长安小产权房个别楼盘，贷款利率只有2.75厘，还是银行直接放款。即便今年东莞小产权房贷款利率较往年高了些，但是最高的也只有5厘多，优势仍然相当明显。较低的贷款利率无疑会使置业成本大大降低。