但是离婚案件中，小产权房又切实涉及到男女双方的居住、生活问题，所以针对这一点，北京市法院特意在《北京市高级人民法院关于审理婚姻纠纷案件若干疑难问题的参考意见》第三十五条中予以明确：对于已被有权机关认定为违法建筑的小产权房，不予处理；但违法建筑已经行政程序合法化的，可以对其所有权归属做出处理。对于虽未经行政准建，但长期存在且未受到行政处罚的房屋，可以对其使用做出处理。在处理使用时，人民法院应向当事人释明变更相关诉讼请求。在处理相关房屋的使用归属时，能分割的进行分割，不能分割的可采用协商、竞价、询价等方式进行给予适当补偿。在涉小产权房分割案件中，应在判决论理部分中明确使用处理的判决内容不代表对小产权房合法性的认定，不能以此对抗行政处罚、不能作为产权归属证明或拆迁依据等。

总的来说，离婚案件中法院可以对小产权房做出如下处理：

一、如果小产权房已经取得了相应的土地规划审批、土地出让金缴纳等程序，或者相关房产局为小产权房补发了房产证，那么这类小产权房可以按照正常的房屋进行估价、分割。

二、行政部门已经明确属于违建的小产权房，法院不可能进行任何处理。

三、既没有被认定成违建，也没有取得相关合法化手续的小产权房，法院可以判决小产权房的使用权归男女双方中的一方，给予另一方合理补偿（按照实践经验，一般是购房时价格的一半），也可以判决小产权房由男女双方继续共同居住使用。