根据前述分析，集体建设用地上的小产权房，除宅基地外，为合法建筑，可以根据《民法典》规定的程序办理相关产权手续；我国房地产的复杂性，决定着集体经济性建设用地交易过程非常漫长。如，集体所有的哪些地块为集体经济性建设用地；再如，小产权房为建设用地，集体经营性建设用地的溯及力如何等。集体经营性建设用地不包括村庄规划内的宅基地，而是土地利用总体规划、城乡业规划所确定的工业、商业等经营性建设用地；多数地方政府实施的合村并居事实上不符合集体经营性建设用地的要求。

规划所确认的工业、商业等经营性建设用地，不登记并不是不具备经营性用途；登记为集体经营性建设用地仅仅是程序性要求，不登记其性质仍为集体经营性建设用地。这样就涉及到集体建设用地的小产权房的溯及力：倘若认为集体经营性建设用地没有溯及力，并坚持认为不登记的经营性建设用地不能交易，办理小产权房相关产权证书可能“遥遥无期”；倘若认为集体经营性建设用地有溯及力，并认为不登记的经营性建设用地也可以交易，小产权房相关产权证书立即可以办理。

经营性建设用地既然适用《民法典》的相关规定办理手续，集体经营性建设用地的溯及力应当依据《关于适用〈中华人民共和国民法典〉时间效力的若干规定》确认。《民法典》原则上不具有溯及力，但有两个例外：第一，是有利溯及适用规则；第二，新增规定溯及适用规则。集体经营性建设用地适合两个例外的全部情形；集体经营性建设用地的溯及力可以追溯到何时有效，可能也是需要明确的事项。新修订的《土地管理法》自1999年1月1日起施行，该日期之后修建的小产权房，可以认定为合法建筑，并依法办理手续。