谭耀宗表示，现行土地管理法第63条规定，除“符合土地利用总体规划并依法取得建设用地的企业”等情况之外，“农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设。”草案将第63条修改为“县级土地利用总体规划、乡（镇）土地利用总体规划确定为工业、商业等经营性用途，并经依法登记的集体建设用地，土地所有权人可以通过出让、出租等方式交由单位或者个人使用”。由此可见，草案仍然没有批准集体所有土地使用权于工业或商业领域以外的流转。

“谈到宅基地建设，除‘宅基地权益保障方式’和‘宅基地管理制度’两大重点之外，宅基地流转问题即现在草案称为‘探索宅基地自愿有偿退出机制’，始终是一个重大问题”，谭耀宗说，事实上，一方面要保障宅基地权益，另一方面则允许“自愿有偿退出”（即流转），这么看来是很难达致平衡的两个方面。其中，小产权房正是这个矛盾的最突出地方。

他认为，目前内地的小产权房主要有占用耕地建成的和在集体建设用地或宅基地上建成的两种。“据不完全统计，小产权房总量十分惊人。小产权房实质是违法建筑，违反土地管理法律，是得不到现有法律体制支持的。然而，小产权房已经是社会存量财富，有不少小产权房已经出售，住满了居民，强行取缔势必影响社会稳定。

近年来，也出现过不少香港市民购买内地小产权房而造成财物损失的案例，并且不在少数。事实上，小产权房与商品房巨大的价格落差，造就了其广阔的市场需求。在现有的住房供应体制不能全面满足民众住房需求的情况下，小产权房的出现在解决普通民众的住房难题上起了重要作用。对管理部门来说，小产权房事实上部分承担了理应由政府承担的住房保障责任。而对于农民来说，出售或出租小产权房可以获得较高的收入。小产权房的出现，确实在一定程度上，对多方面都有好处。因此，对小产权房问题，除占用了耕地兴建的情况外，我担心如果采用拆除取缔的方法，对社会稳定会带来冲击。所以应小心处理，以一个合情合理合法的办法来解决”。